Nature Reviews Microbiology：該期刊是微生物學領域的頂級綜述期刊，影響因子較高，涵蓋了微生物遺傳育種學的最新研究進展和綜述。
Nature Microbiology：作為Nature子刊，該期刊在微生物學領域具有極高的影響力，發表了許多高質量的原創研究論文，包括微生物遺傳育種學相關的研究成果。
The Lancet Microbe：該期刊專注于微生物相關的臨床研究，包括抗微生物耐藥性基因、毒力因子等方面的研究，適合發表與微生物遺傳育種學相關的臨床應用研究。
Cell Host and Microbe：主要關注宿主與微生物之間的相互作用，包括微生物遺傳育種學在宿主微生物群落結構和功能調控中的應用研究。

專業性較強期刊

Microbial Biotechnology：該期刊專注于微生物生物技術領域的研究，包括微生物遺傳育種學在工業微生物、環境微生物等方面的應用研究。
Fungal Genetics and Biology：主要發表真菌遺傳學和生物學相關的研究，包括真菌遺傳育種學的研究成果。
Journal of Bacteriology：專注于細菌學研究，涵蓋了細菌遺傳育種學的各個方面，如細菌基因組編輯、基因表達調控等。
Archives of Microbiology：該期刊涵蓋了微生物學的廣泛領域，包括微生物遺傳育種學的基礎研究和應用研究。

開放獲取期刊

MicrobiologyOpen：該期刊是開放獲取的，涵蓋了微生物學的各個領域，包括微生物遺傳育種學的研究。
mSphere：由美國微生物學會出版，是開放獲取的期刊，涵蓋了微生物學的廣泛領域，包括微生物遺傳育種學的研究。

綜合性期刊

PLoS Genetics：該期刊涵蓋了遺傳學的廣泛領域，包括微生物遺傳育種學的研究，適合發表跨學科的研究成果。
Genetics：作為遺傳學領域的經典期刊，也涵蓋了微生物遺傳育種學的研究，適合發表基礎研究和應用研究。